Os índios Tamoios eram os que ocupavam boa parte da orla da Baía de Guanabara e, certamente, Paquetá. Quando os portugueses e franceses aqui chegaram, a ilha já era chamada de Paquetá. O estudo etimológico do nome sempre gerou muitas polêmicas e possibilidades: muitas conchas, pedras ou pacas (animais).

Esta última interpretação é hoje a mais aceita, corroborada com a publicação dos escritos de André Thevet (o descobridor de Paquetá), que narra a abundância na ilha do animal Pacarana, parente próximo da paca.

Paquetá foi também um dos principais focos da resistência francesa à expedição de Estácio de Sá, que tinha como uma de suas principais missões expulsá-los do país: os portugueses, aliados aos Povos Temiminós do cacique Araribóia, contra os franceses, aliados aos Tamoios do cacique Guaixará.

Foi nas águas de Paquetá que ocorreu uma das principais batalhas da vitória portuguesa, com a morte do líder Tamoio Guaixará. Ainda no ano da fundação da cidade do Rio de Janeiro, em 1565, e mesmo antes do seu falecimento, Estácio de Sá dava andamento à sua missão colonizadora, e Paquetá foi incluída na relação de terras doadas a seus aliados, sob forma de sesmarias, como citado no início.

A chegada de D. João VI à Paquetá, em 1808, no mesmo ano em que a Família Real vem para o Brasil, eleva a ilha a um relevante status cultural junto à Corte e à população da cidade. Paquetá assumia o papel de centro político.

Vários nobres e personalidades importantes passaram a frequentar, ou mesmo morar em Paquetá. Destacamos a presença de José Bonifácio de Andrada e Silva, o Patriarca da Independência que, em 1829, afasta-se da Corte por motivos políticos e se exila em Paquetá. Sua antiga residência existe até os dias de hoje. 

No final deste século, a ilha passaria pelo que foi, provavelmente, o seu momento mais difícil: A Revolta da Armada.

Em 1893, a Marinha de Guerra deflagrou um movimento contra o governo do Marechal Floriano Peixoto. Paquetá foi, involuntariamente, base de operações para os revoltosos, ficando isolada do Rio de Janeiro por seis meses.

Muitas famílias tiveram que se afastar da ilha, as baixas foram intensas e, ao final da revolta, muitos “paquetaenses” foram severamente punidos, sob o argumento de que teriam colaborado com os revoltosos. Um período triste na história do bairro.