A história do espaço tem início em 1967, quando o arquiteto projetou o prédio principal. Em 2001 o local deixou de ser sede de secretarias de Estado e passou por adaptações (ganhando o anexo conhecido como ‘Olho’).

O museu conta ainda com um setor educativo, um centro de documentação e referência, espaços para eventos, a MON loja, um café aconchegante e 316 vagas de estacionamento. O prédio principal possui uma área térrea, um primeiro piso e o subsolo que o liga ao anexo (Olho) de 30 metros de altura e composto por quatro pavimentos.