Com a Independência do Brasil (7 de setembro de 1822), iniciou-se um processo de esvaziamento do imóvel que resultou em seu abandono. Somente em meados do século XIX o logradouro passou por intervenções, destinando-se seu espaço para sede do Seminário Menor. Em 5 de maio de 1905, o prédio foi vendido para o Governo do Estado do Maranhão, que tratou de fazer novas intervenções na arquitetura original, invertendo, inclusive, as frentes do convento e da igreja anexa (que davam para o mar) e lhes conferiu a unidade de fachada única. 

As intervenções foram de responsabilidade do Tenente Coronel Zenóbio da Costa. O motivo era simples, o local abrigaria o quartel da Polícia Militar e do Corpo de Bombeiros do Estado, que permaneceram ali até o final da década de 1980, quando os batalhões foram transferidos para as sedes atuais.

A entrada principal está voltada para Rua Jacinto Maia, protegida por canteiros de palmeiras. Antes, sua fachada principal de frente para o rio. Foram retirados os anexos que descaracterizavam a obra, descobertos os arcos originais e o poço. Nesta restauração, encontraram-se os alicerces da igreja demolida. Hoje, com 5.800 m² de área construída, o Convento das Mercês é detentor de um rico acervo museológico e bibliográfico que convida a todos uma rica e bela visita histórica e cultural.