É hábito os passeios de barco passarem por debaixo da ponte e em redor da fortaleza. Ali é fácil imaginar como foi a rotina dos militares durante três séculos e meio. Desde meados do século XVII até 1914. O escudo coroado em cima da porta de entrada e as 11 canhoeiras que deixam ver o oceano em pequenas aberturas revelam, a partir do interior do forte, a história e a façanha de, num lugar tão inóspito, se lutar contra invasores.

O episódio militar mais relevante do forte de São João Baptista ocorreu em 1666. Uma esquadra espanhola de 15 embarcações e com mais de mil homens só conseguiu a rendição dos menos de 30 portugueses porque um deles fugiu do forte e foi contar aos invasores a frágil situação em que se encontrava a guarnição portuguesa. 

Os espanhóis, antes de deixarem as Berlengas destruíram o forte e, mais uma vez, teve de ser reconstruído. Tinha sido edificado cerca de uma década antes, depois da restauração da independência. Nessa altura, uma das grandes preocupações do Conselho de Guerra, criado para apoiar o processo de fortificação de todo o território nacional na luta contra Espanha, identificou Peniche como o principal acesso marítimo.  A experiência pouco anos antes do desembarque de um contingente inglês tinha revelado que era fácil entrar em Peniche e chegar a Lisboa e, eventualmente, tomar a capital do reino.

A partir daí, inicia-se um processo de fortificação com a frente abaluartada que corresponde às muralhas de Peniche, a construção da Fortaleza de Peniche, o Forte da Consolação e o Forte de S. João Baptista na Berlenga.