Sua história remonta ao século XVII, mais precisamente em 1626 quando o Governador Diogo Luís de Oliveira, chegado à Bahia, mandou o arquiteto Francisco Frias construir trincheiras no local; para alguns denominadas de “baluarte de Santiago”.

Em 1638, na época da segunda invasão holandesa, o Conde Bagnoli reergueu-as às pressas. Não se sabe ao certo quando foi iniciado a construção do forte que substituiu àquelas trincheiras.

O imponente Forte de Santo Antônio Além do Carmo foi edificado no século XVIII, em posição estratégica e dominante sobre o mar, tendo por finalidade a defesa de Salvador. As lutas contra os holandeses dão conta de sua importância histórica e arqueológica. Com o passar dos anos, sofreu diversas modificações e reformas, sendo que no início do século XIX já não tinha utilidade para fins bélicos.